O município de Joaquim Gomes tem suas origens históricas no engenho São Salvador, de propriedade de José Correia de Araújo Barros. Em 1900, Araújo Barros morreu e, por razões de problemas financeiros que envolveram os seus negócios, a sua propriedade ficou alienada a seu genro, Joaquim Gomes da Silva Rego, que tinha a patente de major da Guarda Nacional, e que resolveu tomar a frente dos negócios da família, e adquiriu do banco credor a propriedade então alienada. Uma de suas primeiras providências foi dedicada à Nossa Senhora da Conceição.

Graças ao espírito empreendedor de Joaquim Gomes, o local alcançou notável prosperidade. Antes do início da colonização daquelas terras, os índios Wassu ocupavam a região. Ainda hoje existem descendentes desses indígenas habitando no povoado Cocal; dedicam-se ao cultivo de lavouras de subsistência.

A pequena vila que se formou viveu uma fase de grande desenvolvimento, e tal fato ensejou o surgimento de movimentos para conseguir sua emancipação política.

A lei nº 2468 de 25 de agosto de 1962 concedeu autonomia administrativa ao povoado, que recebeu o nome de seu fundador, Joaquim Gomes.